Докторантура функционирует по 4-м специальностям:

В настоящее время в докторантуре обучается 12 человек.
Научное руководство аспирантами, и соискателями осуществляют 55 ведущих ученых университета, среди них 3 академика РАСХН, 25 докторов наук, профессоров, 27 кандидатов наук, доцентов.
В университете созданы практически все условия для подготовки и защиты диссертаций: организована подготовка и прием два раза в год экзаменов кандидатского минимума по всем дисциплинам, выделяются средства на научные командировки, имеются оснащенные современным оборудованием лаборатории, а также свободный доступ к образовательным и научным библиотекам сети Интернет.
На основании приказа Министерства образования и науки Российской Федерации от 05.07 2005 г. № 189 «Об обеспечении единства образовательного пространства Российской Федерации» реализация основных образовательных программ послевузовского профессионального образования в аспирантуре производится в соответствии с временными требованиями к основной образовательной программе послевузовского профессионального образования по соответствующим отраслям науки.
Ежегодно лучшие аспиранты выдвигаются на получение именных стипендий.
В 2010-2011 учебном году на стипендию президента РФ утверждены аспирантка кафедры экономики Азжеурова М.В. (научный руководитель профессор Сабетова Л.А.) и аспирантка кафедры агрохимии и почвоведения Волохина В.П. (научный руководитель доцент Степанцова Л.В.). Докторант кафедры организации и управления производством Карамнова М.В. (научный консультант профессор Шаляпина И.П.) получила областной ежегодный грант. Шесть аспирантов получают стипендию ученого совета университета.
Всего в 2010 году докторантами, аспирантами, преподавателями защищено 20 диссертаций: из них 8 докторских и 12 кандидатских.